Kristal Yapı — 3B Kristal Editörü

GitHub ↗

Görünüm

Model Atomlar arası bağlar Otomatik bağ uzunluğu (elemente göre) Birim hücre çizgileri Sınır atomlarını göster Atom sembollerini göster Kristal eksenlerini yapı içinde göster Otomatik döndürme Termal elipsoitleri (ADP) göster Elipsoit olasılık düzeyi

CIF Uij/Bij veya Uiso/Biso alanlarından hesaplanır. Uij kristal eksenlerine göre Kartezyen tensöre çevrilir; geçersiz tensörler çizilmez.

Atom boyutu

0.80

Bağ uzunluğu eşiği (Å)

2.65

Koordinasyon çokyüzlüsü (merkez atom)

Komşu sınırı (Å) En fazla komşu

0 Å: etkin bağ kuralları. Çokyüzlüler periyodik komşularla oluşturulur; kimyasal koordinasyon yorumunu kullanıcı doğrulamalıdır.

Birim hücre Å / °

a (Å) b (Å) c (Å) α (°) β (°) γ (°)

Kristalografik simetri Aşama 1

Uzay grubu (1–230) Uzay grubu ayarı / setting Atomları asimetrik konum kabul edip simetri uygula

P1: 1 simetri işlemi

Wyckoff konumları ve eşleştirme

Seçilen uzay grubunun genel ve özel konumlarını listeler.

Atom türlerine göre bağlar Aşama 1

Özel eşikler (Å), örn. Si-O:1.4-2.0; Ti-O:1.7-2.3

Element A Element B

En kısa (Å) En uzun (Å)

Element çiftine özel min–maks eşikleri diğer bağlardan bağımsızdır. Öneriler atom yarıçaplarına dayalı görsel başlangıç değerleridir, deneysel bağ doğrulaması değildir.

Süperhücre

a × b × c ×

Örgü dönüşümü Aşama 2

Hazır dönüşüm

Sütunlar yeni a′, b′, c′ vektörlerini eski kesirli eksenlerde tanımlar. Atomları Kartezyen konumları koruyarak yeni hücreye taşır.

Asimetrik konumlar / atomlar 0

Atom	x	y	z	WP

Kesirli koordinatlar: 0–1. CIF içe aktarımında simetri işlemleri P1 atomlarına genişletilir. Görünümdeki atomu seçerek ayrıntılarını inceleyebilirsiniz.

Nesneler ve katmanlar

Öğeleri gizle, saydamlık ve renklerini ayarla, sıralarını değiştir. Değişiklikler proje ve Geri Al/Yinele geçmişine kaydedilir.

Yapı bilgileri

Kristal yapısı—

—Hücre hacmi (Å³)

—Hücrede atom

Çoklu yapı / faz karşılaştırması

En fazla üç ek CIF'i özgün hücreyi değiştirmeden aynı 3B alanda çiz. Renk, saydamlık ve Kartezyen Å ofsetini ayarla. Yüklenen fazlar proje ve Undo/Redo ile saklanır.

Henüz ek karşılaştırma yapısı yok.

Konumlar aynı Kartezyen koordinat başlangıcına veya hücre merkezlerine göre hizalanabilir. Atom eşleştirme, uyum optimizasyonu ve RDF/yer değiştirme hesabı bu görünüme dahil değildir.

Atom seçimi ve ölçüm

Bir atoma tıklayın. İki atomla uzaklık, üç atomla merkezdeki açıyı ölçebilirsiniz.

Seçili atomun periyodik komşuları

Koordinasyon çevresini görmek için bir atom seçin.

Ölçüm geçmişi

2 atom: doğrudan ve en kısa periyodik uzaklık · 3 atom: B merkezli açı · 4 atom: A–B–C–D dihedral açısı. Kimyasal bağ yorumu geometrik eşiklere bağlıdır.

Hacimsel fizik verileri 3B / 2B

CUBE, CHGCAR / CHG ve XSF DATAGRID_3D. Dosyalar yalnızca tarayıcıda işlenir.

Aktif alan (kesit ve izodeğer kaynağı) İkinci alan (renklendirme için)

İkinci alan yüklenmedi. Eşleştirme aynı uzaysal koordinat çerçevesine göre denetlenir.

Henüz veri yüklenmedi.

Varsa dosyadaki atomları ve hücreyi kullan Görselleştirme İzodeğer İzoyüzey saydamlığı

Kesit yönü Kesit konumu (%) Renk haritası Kesitte izodeğer konturu İzoyüzeyi potansiyele göre renklendir

Renk ölçeği veri yüklenince hesaplanır.

Henüz sayısal kesit yok.

Izoyüzeyler marching tetrahedra ile oluşturulur. Büyük ızgaralar seyreltilir; kesit gerçek fiziksel koordinatlarda yerleştirilir. Yüzey renkleri ancak uyumlu ikinci potansiyel ızgarası yüklendiğinde potansiyeli temsil eder.

Bilimsel kapsam

Kristal koordinatları, örgü vektörleri ve ölçümler gerçek hücre metriğini kullanır. Bağlar geometrik eşikle çizilir. İzoyüzeyler fiziksel hesaplama yapmaz; dosyadaki örneklenmiş alanı gösterir.

Kristal Yapı / Veritabanı

Kütüphane

Crystallography Open Database (COD) kayıtlarını filtrele, incele ve kristal yapıya aktar.

COD resmî sitesi ↗

Gelişmiş arama

Alanları birleştirebilirsin. En az bir arama ölçütü gir.

Metin / malzeme adı COD numarası Kimyasal formül (Hill notasyonu) Uzay grubu Dergi adı Yayın yılı DOI Cilt Sayı

İçermesi gereken elementler En fazla 8

İçermemesi gereken elementler En fazla 4

Farklı element sayısı—

Hücre hacmi (Å³)—

Z (formül birimi)—

Z′ (asimetrik birim)—

Fobs verisi olanlar Tekrar kayıtları dahil et Hatalı kayıtları dahil et Teorik yapıları dahil et

Bağlantı yöntemi

Worker ayarlandıysa otomatik mod istekleri önce kendi Cloudflare API'ne yönlendirir; COD sunucusunun CORS izni gerekmez. Workers.dev adresini kaydetmen yeterlidir. Yer imlerindeki CIF önbelleği ve CORS bağımsız dosyadan içe aktarma kullanılabilir.

Cloudflare Worker · COD API bağlantısı

Worker dağıtıldıktan sonra HTTPS adresini kaydet. Adres yalnızca bu tarayıcıda tutulur; API anahtarı gerekmez.

Worker tanımlı değil. COD'a doğrudan bağlanılır.

Arama sonuçları

Bir malzeme, formül, element veya COD numarası girerek aramaya başlayabilirsin.